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Estudos anteriores em animais produtores de alimentos relacionaram o uso de antimicrobianos (UAM) e a resistência (RAM) em espécies bacterianas especificamente isoladas. Os dados de vários países são dispersos e descrevem apenas diferenças entre os países. Este estudo investiga associações entre resitoma móvel fecal suíno e características de nível da granja em toda a Europa. Um estudo transversal foi conduzido entre 176 granjas de suínos convencionais de nove países europeus. Vinte e cinco amostras fecais foram coletadas de suínos em engorda por granja e os resistomas adquiridos foram determinados usando metagenômica shotgun e o banco de dados de referência Resfinder, ou seja, a coleção completa de genes RAM adquiridos horizontalmente (ARG). Os genes de resistência foram calculados para fragmentos normalizados por quilo base de referência por milhão de fragmentos bacterianos (FPKM). Dados específicos foram coletados na granja (UAM, biossegurança). Metanálises de efeitos aleatórios foram realizadas por país, relacionando dados da granja com abundâncias relativas de ARG (FPKM).
O UAM total durante a engorda foi positivamente relacionado ao ARG total (FPKM total). Associações positivas foram observadas particularmente entre macrolídeos e tetraciclinas amplamente usados e ARGs correspondentes às classes antimicrobianas exclusivas. Nenhuma associação relevante de UAM-ARG foi encontrada para β-lactâmicos e apenas alguns ARGs de colistina foram encontrados, apesar do alto uso de duas classes de antimicrobianos em animais mais jovens. O aumento da biossegurança interna está diretamente relacionado a uma maior abundância de ARG, que codifica principalmente a resistência aos macrolídeos. Esses efeitos de biossegurança foram independentes de AMU em modelos mutuamente ajustados.
O uso de dados de resistoma em estudos de associação é sem precedentes e adiciona precisão e novos insights para associações UAM-AMR previamente observadas. Os principais componentes do resistoma suíno estão positiva e independentemente associados com UAM na granja e nas condições de biossegurança.
Van Gompel L, Luiken REC, Sarrazin S, et al. The antimicrobial resistome in relation to antimicrobial use and biosecurity in pig farming, a metagenome-wide association study in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019; 74(4): 865–876. https://doi.org/10.1093/jac/dky518