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Um surto de peste suína africana (PSA), uma doença fatal de suínos domésticos e javalis causada pelo vírus da peste suína africana (vPSA), ocorreu na Geórgia em 2007 e desde então se espalhou por todo o mundo. Historicamente, o vPSA foi classificado em 25 genótipos diferentes. No entanto, um novo sistema proposto recategorizou todas as cepas de vírus em 6 genótipos usando exclusivamente as sequências previstas da proteína p72. No entanto, o genoma do PSA é muito extenso e codifica entre 150 e 200 genes, pelo que as classificações baseadas num único gene são insuficientes e enganosas, uma vez que as estirpes que codificam um p72 idêntico apresentam frequentemente mutações significativas em outras áreas do genoma.
Métodos: Neste estudo, uma nova classificação do vPSA é apresentada com base em comparações feitas considerando todo o proteoma codificado. A similaridade entre sequências proteicas homólogas de um banco de dados selecionado composto pelas sequências proteicas previstas para serem codificadas por 220 genomas vPSA reanotados foi analisada. Os pesos foram aplicados às matrizes de identidade proteica e calculados a média para gerar uma matriz de identidade genoma-genoma que foi então analisada por um algoritmo de aprendizado de máquina não supervisionado, DBSCAN, para separar os genomas em grupos distintos.
Conclusão: Conclui-se que todos os genomas disponíveis do vírus PSA podem ser classificados em 7 biótipos diferentes.
Dinhobl M, Spinard E, Tesler N, Birtley H, Signore A, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. Reclassification of ASFV into 7 Biotypes Using Unsupervised Machine Learning. Viruses. 2024; 16(1): 67. https://doi.org/10.3390/v16010067