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O vírus da síndrome reprodutiva e respiratória suína (PRRSV) é um importante patógeno suíno que afeta o setor suíno global. O primeiro sistema de classificação de linhagem genética baseado no quadro de leitura aberto 5 (ORF5) que descreveu a diversidade genética global do vPRRS-2 foi introduzido há mais de uma década. Embora melhorias tenham sido propostas para a linhagem predominante nos EUA (linhagem 1), o sistema de classificação filogenética vPRRS-2 internacionalmente não foi completamente avaliado e atualizado desde 2010.
Métodos: Neste estudo, com base na análise de 82.237 sequências globais de ORF5 relatadas durante 1989-2021, vPRRS-2 foram classificados em 11 linhagens genéticas (L1-L11) e 21 sublinhagens (L1A-L1F, L1H-L1J, L5A-L5B , L8A-L8E e L9A-L9E).
Resultados: O sistema de classificação proposto é flexível para crescer se linhagens adicionais, sublinhagens ou classificações mais granulares forem necessárias. Por exemplo, para uma investigação epidemiológica mais detalhada, L1C foi dividido em cinco grupos (L1C.1‒L1C.5), com L1C.5 correspondendo à variante L1C recentemente emergente. A comparação entre a tipagem do polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) e a classificação filogenética revelou a imprecisão do uso de RFLP para determinar a relação genética do vPRRS-2 na maioria dos cenários. Foi determinada a homologia genética de seis vacinas comerciais vPRRS-2 com cada linhagem/sublinhagem e a frequência de detecção de vírus semelhantes aos da vacina. Foi apresentada a distribuição geográfica global de cada linhagem/sublinhagem. As alterações dinâmicas temporais do vPRRS-2 nos EUA durante 1989-2021 foram investigadas através da análise de 73.092 sequências ORF5.
Conclusão: Em resumo, este estudo melhorou a classificação filogenética do vPRRS-2 baseada em ORF5 e investigou a distribuição geográfica e as alterações temporais do vPRRS-2 ao nível da linhagem/sublinhagem. O sistema de classificação refinado e os dados de epidemiologia molecular deste estudo serão muito valiosos para a caracterização futura do vPRRS-2.
Yim-im W, Anderson TK, Paploski IAD, VanderWaal K, Gauger P, Krueger K, Shi S, Main R, Zhang J. Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes. Virology. 2023. https://doi.org/10.1128/spectrum.02916-23