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Os vírus da gripe tipo A podem infectar uma grande variedade de espécies de aves e mamíferos. Seu genoma é caracterizado por 8 segmentos de RNA de fita simples. A baixa atividade corretiva das suas polimerases e o rearranjo genômico entre os diferentes subtipos do vírus influenza A permitem-lhes evoluir continuamente, o que constitui uma ameaça constante para a saúde humana e animal. Em 2009, uma pandemia de um vírus influenza A destacou a importância do hospedeiro suíno na adaptação destes vírus entre humanos e aves. A população suína e a incidência do vírus influenza A em suínos estão em constante crescimento. Em estudos anteriores, apesar da vacinação, o crescimento e evolução do vírus influenza A foram confirmados em suínos vacinados e desafiados. No entanto, a forma como a vacinação pode impulsionar a dinâmica evolutiva do vírus da gripe suína A após coinfecção com dois subtipos não foi suficientemente estudada. No presente estudo, suínos vacinados e não vacinados foram desafiados por contacto direto com suínos inoculados com vírus da gripe suína A, independentemente do H1N1 e H3N2. Amostras de esfregaços nasais foram coletadas diariamente e, no dia da necropsia, também foi coletado líquido de lavagem broncoalveolar de cada animal para detecção do vírus influenza A suíno e para sequenciamento do genoma completo. No total, 39 sequências completas do genoma do vírus influenza A suíno foram obtidas por sequenciamento de próxima geração a partir de amostras coletadas de ambos os grupos experimentais. Posteriormente, foram realizadas análises genômicas e evolutivas para detectar rearranjos genômicos e variantes de nucleotídeo único.
Em relação aos segmentos encontrados por amostra, a presença simultânea de segmentos de ambos os subtipos foi muito menor nos animais vacinados, indicando que a vacina reduziu a probabilidade de eventos de rearranjo genômico. Em relação à diversidade intra-hospedeiro do vírus influenza A suíno, um total de 239 e 74 variantes de nucleotídeo único foram detectadas nos subtipos H1N1 e H3N2, respectivamente. Foram encontradas diferentes proporções de substituições sinônimas e não-sinônimas, indicando que a vacina pode estar influenciando o principal mecanismo que molda a evolução do vírus influenza A suíno, detectando seleção natural, neutra e purificadora nos diferentes cenários analisados. Variantes de nucleotídeo único foram detectadas em todo o genoma do vírus influenza A suíno com importantes substituições não sinônimas em polimerases, glicoproteínas de superfície e proteínas não estruturais, que podem ter impacto na replicação do vírus, na evasão do sistema imunológico e na virulência do vírus, respectivamente.
O presente estudo destaca ainda a imensa capacidade evolutiva do vírus influenza A suíno, em cenários de infecção natural e pressão vacinal.
López-Valiñas Á, Valle M, Wang M, Darji A, Cantero G, Chiapponi C, Segalés J, Ganges L, Núñez JI. Vaccination against swine influenza in pigs causes different drift evolutionary patterns upon swine influenza virus experimental infection and reduces the likelihood of genomic reassortments. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2023; 13. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2023.1111143