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O vírus da Peste Suína Africana (PSA) está causando uma pandemia global altamente letal em suínos domésticos e javalis. Atualmente, vacinas vivas recombinantes atenuadas baseadas numa estirpe do genótipo II do vírus são comercializadas no Vietnã. Com 25 genótipos do vírus da PSA descritos na literatura, é importante compreender a base molecular e a utilidade da genotipagem do vírus, bem como a verdadeira importância dos genótipos na epidemiologia, transmissão, evolução, controlo e prevenção da doença. Historicamente, a genotipagem do vírus PSA foi utilizada para monitoramento epidemiológico da doença e baseava-se na análise de pequenos fragmentos que representam menos de 1% do genoma do vírus.
Métodos: O método predominante para a genotipagem do vírus PSA baseia-se no sequenciamento de um fragmento dentro do gene que codifica a proteína estrutural p72. A atribuição de genótipos foi realizada usando árvores filogenéticas automatizadas ou comparando a sequência alvo com o gene p72 genotipado mais estreitamente relacionado. Para avaliar a sua adequação para genotipagem por p72, todos os dados genômicos disponíveis para o vírus da PSA foram reanalisados neste estudo.
Resultados: Concluiu-se que a maioria dos genótipos baseados em p72, quando inicialmente criados, não foram identificados sob quaisquer critérios metodológicos específicos nem foram corretamente comparados com os genótipos do vírus PSA já existentes.
Conclusão: Com base na análise realizada nas sequências da proteína p72, propõe-se que os atuais vinte e cinco genótipos, criados exclusivamente a partir da sequência p72, sejam reduzidos a apenas seis genótipos. Para ajudar a diferenciar entre os novos e antigos sistemas de classificação de genótipos, propõe-se a utilização de algarismos arábicos (1, 2, 8, 9, 15 e 23) em vez dos algarismos romanos anteriormente utilizados. Além disso, é discutida a utilidade da genotipagem de isolados de vírus da PSA com base apenas na sequência do gene p72.
Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. A Re-Evaluation of African Swine Fever Genotypes Based on p72 Sequences Reveals the Existence of Only Six Distinct p72 Groups. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246